為因應全球光電科技呈現迅速而蓬勃的發展，以及基於台灣光電科技相關人才需求日益殷切的趨勢，本系於民國95年開始召收碩士班。本所未來以培育優秀的光電工程應用與研究人才，同時以發展先進光電工程技術為目標。在人才培育方面，著重於基礎研究能力之培養；在發展工程技術方面，特別著重於平面顯示技術與太陽光電能技術之開發。 在基礎研究能力之培養上，以「光電子學」、「固態物理」及「元件物理」作為入門基礎課程，再規劃開設平面顯示器技術、太陽電池、感測器技術、固態光源元件製作與設計、及積體光學等相關領域課程，培養光電科技之研發人才。